La Fondation ne poursuit aucun but lucratif ni de nature cultuelle. Elle planifie, dirige et organise, en qualité de maître de l'ouvrage, les travaux d'entretien nécessaires à la conservation de ces temples et chapelles. Pour ce faire, elle s'efforce de rassembler les fonds nécessaires à la réalisation des travaux, en recueillant dons privés (individuels et collectifs) et publics (les communes) et en sollicitant les subventions publiques (fédérale et cantonale) prévues par la législation concernée.

Un conseil de fondation, composé d'une dizaine de membres, est désigné, conformément aux statuts de la fondation, pour quatre ans. Il se réunit régulièrement pour conduire les dossiers de restauration et d'entretien de ces édifices. Des représentants de l'Eglise protestante de Genève (dénomination modifiée en 1999) et de son Consistoire, mais également du canton de Genève et des communes genevoises (dont la Ville de Genève), siègent dans la Fondation à cet effet.