La Fondation étant une institution de droit privé, au sens des art. 80 et suivants du Code civil suisse, ses ressources financières viennent essentiellement de dons privés individuels ou émanant d'entreprises et d'associations diverses intéressées par les buts généraux poursuivis par la Fondation ou par la mise en ouvre de tel ou tel chantier de restauration.

Pour les travaux d'importance concernant des édifices classés selon la législation fédérale et cantonale, des subventions conséquentes sont octroyées par les autorités compétentes.

Le financement de la Fondation provient également de contributions fournies par l'Eglise protestante de Genève (EPG) et, de cas en cas, des paroisses concernées par la restauration et l'entretien de leurs temples.

Il faut compter également avec le produit des recettes obtenues ensuite de l'organisation à cet effet, par la Fondation ou par l'EPG ou par diverses associations créées à cette fin, de manifestations festives temporaires ou permanentes.

Enfin, la Fondation perçoit le revenu de ses propres avoirs et des capitaux inaliénables qui constituent sa fortune, depuis sa création en avril 1994.

La Fondation, comme dit plus haut, reçoit tous dons, legs, libéralités, souscriptions et prêts que son conseil accepte librement, lequel entreprend par ailleurs toute démarche utile en vue d'obtenir aides et soutiens financiers de la part de toutes celles et tous ceux qui sont intéressés par la protection du patrimoine historique et architectural, en particulier religieux, à Genève.